NCBI 数据上传 SRA

上传地址：https://submit.ncbi.nlm.nih.gov
NCBI的SRA数据上传大致可以分为以下几个步骤：

前几步大概就是创建Bioproject，BioSample（一个Bioproject可以对应多个BioSample号）填写项目的基本信息等等；

据我的经验来讲，前边的步骤都不算难，按照网页指示一步步next就可以了。最让人头疼的主要是数据传输的过程，NCBI的官网给出了以下三种上传方法： https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/sra/
1.asper软件上传
该方法是利用Aspera这个软件来进行上传的，优点是 传输稳定，易操作；缺点是必须和上传的网页关联起来，上传数据期间，ncbi上传页面不能关闭。
2.aspera命令行上传
这种方法当然也需要装一下Aspera这个软件了，也是我极力推荐大家的一种方法，该方法适合大批量数据传输，优点是：速度极快（3～4m／s），传输相对稳定，可以续传，而且最重要的是不需要和网页关联。该方法其实是预先通过命令行，将数据传输到ncbi服务器指定的目录下，在网页 提交传输靠后的位置，直接选择该文件夹就行，与上一种方法大为不同。

以下是commandline:   
ascp -i <path/to/key_file> -QT -l100m -k1 -d <path/to/file(s)> subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads／wangyingzhen91@163.com_D4NwgQSa/<submission_folder>/  
其中<path/to/key_file> 可以在https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/sra/下载。<submission_folder>就是你需要上传ncbi的目录

3.ftp上传
该方法不需要下载asper软件，是通过ncbi给予的账户密码登录服务器，新建一个目录上传数据。个人认为这种方法比较鸡肋，ncbi的服务器很不稳定，时常连接不上，龟速传输。

	Address: ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov

	Username: subftp

	Password: w4pYB9VQ

Author: 王英珍
qq: 296085360
email:wangyz666@outlook.com