R org.Hs.eg.db

org.Hs.eg.db介绍

是bioconductor上的一个数据库文件，里边包含着大量的人类基因注释信息，可以进行不同数据库间的ID转换。  
以防翻译不准确，给个官网描述吧：  
org.Mm.egACCNUM is an R object that contains mappings between Entrez Gene identifiers and
GenBank accession numbers.

类似的其他物种数据库有 拟南芥org.At.tair.db ， 小鼠org.Mm.eg.db 等等.

安装

按照官网给的命令安装：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("org.Hs.eg.db")

报错

1. 一般情况下是没问题的，但是我在安装的时候却报错了，很遗憾没有保存报错信息截图，但我在网上搜了下大概的报错信息和下面的类似：

   1: running command '"D:/Program Files/R/R-3.2.3/bin/x64/R" CMD INSTALL -l "D:\Program Files\R\R-3.2.3\library" C:\Users\Liu\AppData\Local\Temp\RtmpQ9yUYt/downloaded_packages/org.Hs.eg.db_3.2.3.tar.gz' had status 1 
   2: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
     installation of package ‘org.Hs.eg.db’ had non-zero exit status
   

后来我发现在前面安装go.db这个包的时候出现了很多乱码，我才明白原来是我R语言的安装路径里存在着中文，所以才造成安装路径错误。然后我就把R卸载掉重新安装在全英文路径下，之后这个问题就解决了。

1. 然后重新安装的时候又遇到了下面的问题，报错信息如下：

 there is no package called 'RSQLite'；
 就是这个包没有安装成功呗；那就 install.package("RSQLite")；
 之后在CMD命令行里继续安装命令：

OK!DONE!

所以这就提醒我们：

 1.win用户在做生物信息的时候，尽量把文件夹命名成英文的，以免不必要的错误耽搁时间；  
 2.要学会看报错信息，不要被Error、warning这些信息给吓到
 3.善用Google 或 必应搜索

简单使用

1 查看数据类型：keytypes(org.Hs.eg.db)
2 select 函数
    #已知ENTREZID查基因名（SYMBOL）
    gene<-c("3104","3105","3106")#已知三个ENTREZID
    cols<-c("SYMBOL", "GENENAME")
    select(org.Hs.eg.db, keys=gene,columns=cols,keytype="ENTREZID")#查看基因信息
    #已知基因查各种注释信息
    select(org.Hs.eg.db,keys="ZBTB48",c("ENSEMBL","UNIGENE","ENTREZID","CHR","GO","GENENAME"),keytype="SYMBOL")

参考

1. https://www.biostars.org/p/177945/
2. http://www.bio-info-trainee.com/710.html

Author: 王英珍
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