TCR MIXCR
某次TCR数据的比对率较低（仅有20%左右），查了下日志，发现主要原因是比对后得分较低；
用exportAlignmentsPretty命令去跟踪比对文件（默认J区打分阈值为40，下图为跟踪到align sucess的reads）:
mixcr exportAlignmentsPretty input.vdjca(或加-v参数，输出另外一种更加详细的比对格式)
设置J区打分阈值为5（-OjParameters.parameters.absoluteMinScore=5，跟踪reads
发现read2,read4等在阈值为40的时候被droped掉了.
疑问？
对于Read id 4来说，虽然 Target0 align TRBJ2-7*00 score is 15<40；但是 score of Target1 is 96 (>40). 为什么还会被过滤掉? Read id 2,Read id 5等也是同样的情况？于是发邮件咨询了mixcr团队，得到了以下答复。
总结一下主要是因为：
- 如果两条reads只有一条成功比对上(read1，
TRBJ2-7*00)，read2就对该基因（TRBJ2-7*00）执行严格的算法比对；而absoluteMinScore这个参数就是设定read2比对的阈值；Read id 4因为read1的比对得分低（15<40）而被过滤掉； - 对于pair-end,其中一条read必须同时跨越V区和J区；否则会被过滤掉。
因此认为，本次比对率较低主要是由于，测序读长较短（之前的都是MINISEQ，PE150；而本次采用的是HISEQ400，PE75）所导致的。
另外对于minSumScore参数，mixcr团队也给了解释:
SumScore= read1 Vgene score + read2 Vgene score + (the same of Jgene)
if you set includeDScore=true and includeCScore=true, this formula will include D and C genes as well.
Author: 王英珍
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